Laboratorio 3

ESERCIZIO X

1. Modificare ulteriormente il programma dell’esercizio 9 (punto I) in modo da aggiungere una funzione filamento_opposto(), che utilizzi la funzione complementare() per restituire il filamento opposto a quello passato come argomento:

   >>> filamento_opposto('CTAATGT ')
'GATTACA '

2. Modificare la soluzione in modo da usare la funzione map al posto della funzione filamento_opposto() definita al punto precedente. La funzione complementare potra’ essere sfruttata dalla funzione map.

3. Aggiungere una funzione reverse_complement(), che restituisca il reverse complement del filamento passato come argomento alla funzione:

   >>> reverse_complement('CTAATGT')
'ACATTAG'

4. Modificare il programma in maniera tale da importare il modulo random e usarlo per generare un filamento casuale da dare in pasto alla funzione reverse_complement. Si consiglia di usare la funzione choice() del modulo random che ritorna un elemento casuale tra gli elementi di una sequenza data in ingresso.

Soluzione:

# Punto I:

def filamento_opposto(filamento):
    sequenza_opposta = [complementare(c) for c in filamento]
    return ''.join(sequenza_opposta)

# Punto II:
filamento_opposto_list = map(complementare, filamento)

filamento_opposto = ''.join(filamento_opposto_list)


# Punto III:

def reverse_complement(filamento):
    # Ottenere il reverse del filamento
    rev_f = filamento[::-1] 
    return filamento_opposto(rev_f)
    
print reverse_complement('CTAATGT')

# Punto IV:

import random

filamento = ''
#genero un filamento di lunghezza 10

#opzione I : ciclo for
for i in range(10):
    filamento = filamento + random.choice('CGAT')
print filamento

# opzione II: list comprehension
filamento = ''.join([random.choice('CGAT') for i in xrange(10)])
print filamento

print filamento_opposto(filamento)
print reverse_complement(filamento)


... 

ESERCIZIO XI

Scrivere un programma che legga un intero righe e un intero colonne da tastiera e stampi a schermo:

X X X X X
X X X X X
X X X X X

L’esempio riporta l’output richiesto per righe = 3 e colonne = 5. Per andare a capo, dare l’istruzione print senza argomenti: print.
Per stampare senza andare a capo, aggiungere una virgola in fondo alla riga con l’istruzione print. Es: print "ciao",

Soluzione

# Leggo due interi da tastiera
righe = int(raw_input("righe:"))
colonne = int(raw_input("colonne:"))

# Soluzione I:
for i in range(0, righe):     
    for j in range(0, colonne):
        print 'X ',
    print 

# Soluzione II, con complessità inferiore:

stringa = ''
# Alternativa con ciclo for:
for j in range(0, colonne):
    stringa += 'X  '

# Alternativa usando list comprehension:
stringa = " ".join(["X " for x in xrange(colonne)])

for i in range(0, righe):     
    print stringa