Esercitazioni Bioinformatica
Benvenuti alla pagina relativa alle esercitazioni di Bioinformatica, A.A. 2018/2019.
Di seguito potrete trovare una lista delle esercitazioni presentate a lezione, con le relative soluzioni.
Laboratori
- Laboratorio 9
- Laboratorio 8
- Laboratorio 7
- Laboratorio 6
- Laboratorio 5
- Laboratorio 4
- Laboratorio 3
- Laboratorio 2
- Laboratorio 1
Chiarificazioni e tutorial sugli elementi presentati a lezione
Codice
Dati
Problemi con Biopython
Per installare Biopython sono disponibili diverse opzioni:
-
Se si utilizza Anaconda (scelta consigliata) aprire il terminale, e digitare
conda install biopython
Alternativamente è possibile installare la libreria utilizzando la GUI Anaconda Navigator. -
Su Windows è possibile utilizzare l’installer avendo cura di selezionare la versione di python opportuna.
-
Installazione dai sorgenti; scaricare l’archivio biopython-1.xy.tar.gz).
Da terminale:
Scompattare l’archivio e muoversi nella directory.
Dunque eseguire:
python setup.py build
python setup.py test
e, se non ci sono errori:
sudo python setup.py install -
…
Alcuni link utili:
Python
- Python Tutor un tool attraverso cui scrivere script Python direttamente sul web e visualizzarne l’esecuzione step-by-step.
- Anaconda Distribution la distribuzione consigliata di Python.
- Python Website per documentazione e tutorial.
- Is Python pass-by-reference or pass-by-value?
interessante post per chiarire come gli argomenti sono passati alle funzioni in Python.
Tutorial Online
- Testare le Regex in python od altri linguaggi.
- Tutorial su List Slicing in python.
- Ricorsione:
- Introduzione alla ricorsione su RealPython.com
- Recursion ‘Super Power’ (in Python) - Computerphile (Torri di Hanoi) YouTube.
Bioinformatica
- Biopython libreria di tool per computational biology in python. Per l’installazione si invita ad utilizzare il package manager fornito assieme alla distribuzione di python.